Le Musée d'Archéologie Méditerranéenne, situé à la Vieille Charité, offre un voyage à travers les siècles en permettant de découvrir les civilisations antiques du bassin méditerranéen : Proche Orient, Chypre, Grèce, Etrurie et Rome dans la salle Borély. Une autre salle est entièrement dédiée à l'Egypte antique.

Le parcours d'exposition commence notamment avec quelques objets issus de la fondation de Suse et des débuts de l'urbanisation. Suse était la capitale de l'Elam, dans la province du Kuzhistan, au Nord du Golfe Persique. Fondée entre 4000 et 3400, c'est autour de 3000 qu'une véritable organisation urbaine apparaît.
Le mobilier des tombes a révélé une florissante métallurgie du cuivre et une vaisselle de luxe.
Cette civilisation brillante apparentée de très près à celle des Sumériens d'Uruk ignorait l'écriture connue de ces derniers.

La collection chypriote du Musée d'Archéologie Méditerranéenne est la plus importante des musées de Province. Elle est représentative de l'art chypriote pendant presque deux millénaires, de l'âge de bronze à l'époque romaine : Chypre à l'âge de bronze, Chypre Géométrique (1050 - 700 av. J.C.), Chypre Archaïque (725 - 500 av. J.C.), Chypre à l'époque classique et hellénistique (475 - 60 av. J.C.).
L'île de Chypre est située à un carrefour de civilisations. Ses mines de cuivre exploitées pendant des siècles ont favorisé l'insertion de l'île dans un vaste courant d'échanges et d'influence qui en ont fait un creuset et un conservatoire de civilisation façonnant dans un style grec, un amalgame de tendances orientales qui donne à son art son originalité et son charme.

La zone consacrée à la Grèce présente plusieurs vases, des coupes, oenochoés, masques, amphores.

La collection relative à la civilisation étrusque expose essentiellement des petits objets en bronze.
La civilisation étrusque a connu des siècles d'or au VII° et au VI° siècle av. J.-C. Elle s'est épanouie pour l'essentiel entre Tibre et Arno, entre Appenins et mer thrrhénienne. Les Etrusques ont émergé de la protohistoire avec un soudain essor de production et de puissance maritime et terrestre, en compétition avec les Phéniciens et les Grecs. La mise au point d'un nouveau système d'écriture, une intense activité commerciale soutenue par la richesse tirée des mines de fer et de cuivre et par une marine considérable, une organisation politique en cités fédérées, une forte expansion territoriale, marquent la première phase de leur histoire jusqu'au VI° siècle. Mais dès le V° siècle, la décadence s'amorce.
Les villes étrusques ne sauront pas faire taire leurs querelles et présenter un front uni à leurs principaux adversaires, Grecs, Romains puis Celtes au début du IV° siècle. Cette première civilisation d'Italie meurt sous les coups de l'armée romaine en 265 avec la chute de la dernière cité encore libre d'Etrurie, Volsinies (aujourd'hui Orvieto).

La dernière zone dédiée à Rome montre notamment des urnes cinéraires, ainsi que des objets en bronze et de la verrerie.