Le fort Saint-Nicolas, rive gauche, garde l'entrée du Vieux-Port, tout comme le fort Saint-Jean, rive droite.
Le fort se compose d'une partie basse, le Bas-Fort (fort Ganteaume), et d'une partie haute, le Haut-Fort (fort d'Entrecasteaux). Ces 2 forts sont séparés par le boulevard Charles Livon, dont les travaux ont été ordonnés par Napoléon III.
Le site du fort d'Entrecasteaux est occupé dès le XII° siècle par une chapelle dédiée à Saint-Nicolas, dépendance de l'abbaye Saint-Victor. A la fin du XIV° siècle, des fortifications sont établies autour de la chapelle.
Le fort Saint-Nicolas, située entre le palais du Pharo et l'abbaye Saint-Victor, fut construit de 1660 à 1664 sur ordre de Louis XIV. L'objectif de ce fort était de contenir les révoltes de la ville et les canons étaient donc tournés vers les Marseillais et non vers la mer !
Aussi, à la révolution, les Marseillais commencèrent à détruire ce fort, mais une décision de l'assemblée nationale stoppa cette destruction.
Par la suite, le fort d'Entrecasteaux servit de prison de 1828 jusqu'en 1962. Pedant la Seconde Guerre Mondiale, l'armée allemande qui a occupé Marseille entre 1942 et 1944 pris possession de fort et installa des batteries sur les remparts. Des prisonniers politiques tels que Jean Giono, Jean Zay ou Habib Bourguiba y furent séquestrés.
De 1962 à 1978, le fort abrite notamment les transmissions de la Légion Etrangère. En 2003, l'armée cède à la ville de Marseille les terrains de la partie basse du fort d'Entrecasteaux, permettant ainsi l'ouverture au public d'une partie du fort. Les travaux de mise en sécurité nécessaire sont assurés par les chantiers d'insertion d'Acta Vista.
Devant la réussite de ces chantiers d'insertion, le ministère de la Défense décide en 2005 de poursuivre sous cette forme l'entretien des remparts du fort Ganteaume et la restauration du fort d'Entrecasteaux.
En juillet 2011, le fort d'Entrecasteaux devient propriété de la ville de Marseille.

Le fort d'Entrecasteaux offre une vue exceptionnelle sur le Vieux-Port, mais aussi sur le palais du Pharo, le fort Saint-jean ou encore la rade de Marseille. Depuis le fort Ganteaume, la vue est tout aussi exceptionnelle. L'accès au ce dernier fort reste toutefois exceptionnelle à de rares occasions puisque le lieu reste militaire en recevant, hébergeant et restaurant le personnel militaire et les civils du ministère de la Défense.