Lointains descendants des Phocéens fondateurs de Marseille, les navigateurs et commerçants grecs étaient déjà liés à la ville depuis des siècles par le commerce du Levant, lorsqu'ils y formèrent une petite communauté qui se développa dès le début du XIX° siècle. Militaires de l'armée d'Egypte, riches négociants de Chio, réfugiés des massacres turcs lors de la guerre d'Indépendance, ils vont marquer la ville de leur empreinte.
Un siècle plus tard, les massacres de Smyrne conduisent des milliers de nouveaux réfugiés à Marseille. Après avoir été simplement privé aux allées des Capucines (1818), puis semi-clandestin dans une chapelle de la rue Saint-Savournin (1820), le culte orthodoxe s'est officiellement installé dès 1835, rue de la Grande Armée. Le premier bâtiment a cédé la place en 1845 à l'église actuelle, la plus ancienne de France dans le rite orthodoxe.
L'église orthodoxe grecque de la Dormition de la Mère de Dieu possède une collection importante d'icônes, avec près de 40 icônes du XVIIIème siècle au XXème siècle, un grand nombre d'entre elles étant originaires de Russie.