La tour Saint-François surmonte l'ancien couvent franciscain Saint-François de Nice. Elle constitue un des éléments les plus visibles du Vieux Nice, en particulier depuis la colline du château ou la promenade du Paillon.
L'histoire du couvent Saint-François de Nice remonte au 13° siècle, avec un début de construction en 1250, au niveau de l'actuelle place Saint-François et rue de la Tour.
Le couvent va subir des dégâts importants à l'occasion des trois sièges de Nice. En particulier, les frères sont expulsés du couvent suite à l'annexion du comté de Nice par la France en 1792. Les lieux vont alors être occupés par des activités très diverses au fil des ans : corps de garde, tribunal, hôtel. Si le couvent et l'église sont venus aux enchères en 1798, le clocher devient la propriété de la commune de Nice avec l'objectif d'y installer une horloge. Il faudra toutefois attendre 1841 pour que cette tour avec son horloge et sa cloche soit terminée. Le coût de ce projet est à l'origine de ce retard.